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呕吐毒素的检测方法有薄层色谱法（TLC）、高效液相色谱法（HPLC）、柱净化法结合电子捕获检测器的气相色谱法（GC/ECD）、高效液相色谱串联质谱法（HPLC-MS/MS）、放射性免疫测定法（RIA）等。
色谱法
薄层色谱法（TLC）是GB/T5009.111-2003采取的谷物及其制品中呕吐毒素的检测方法，其检测限为1mg/kg。适用于谷物（小麦、玉米、大麦等）及其制品（蛋糕、饼干、面包等）和中呕吐毒素的测定。谷物及其制品中的呕吐毒素经乙腈-水（84:16 V/V）提取、净化、浓缩和硅胶G薄层展开后，加热薄层板。在制备薄层板时加入三氯化铝，使DON在波长365nm紫外光下显蓝色荧光，与标准比较。薄层色谱法TLC虽然操作简便，曾被广泛应用，但是，处理样品时工作量大；在检测过程中操作人员必须直接接触标准品，危害到操作人员的身体健康，而且本方法在提取过程中需要使用大量的有机溶剂，这样就会对周围环境也会产生不利影响；灵敏度差，提高灵敏度必须改进样品的提取和净化方法，改进和提高薄层色谱分析性能，这样就增加了劳动强度和检测成本。
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